No ano de 1614, no Japão, os dois sucessores do então Imperador Ieyasu Tokugawa disputam entre si a sucessão, comprometendo assim a estabilidade da dinastia. Afim de evitar o caos, o Imperador propõe a dois Clãs rivais, Kouga e Iga, uma luta até à morte e cujo vencedor decidirá qual o novo sucessor.

Constituído por 5 volumes, com um enredo rico em intrigas, lutas e romance, Basilisk é uma história de ninjas, onde a honra e orgulho se misturam irremediavelmente com o destino não só duma nação, mas também dos seus intervenientes.