Shiki Tohno é um rapaz que sobreviveu a um acidente quase mortal na sua infância. Por causa disso, o seu pai acabou por mandá-lo para a casa de uns parentes. Alguns anos depois, recebe a notícia que o seu pai havia morrido e que a sua irmã Akiha quer que ele volte para casa.

Desde o dia em que Shiki sofreu o acidente, ganhou o "dom" de ver certas linhas que, como acaba por descobrir, se tratam de uma espécie de remendos do mundo e que, quando cortadas, podem destruir qualquer objecto. No entanto, conseguiu sobreviver durante todos esses anos graças a um par de óculos especial que recebeu de uma pessoa muito querida, há vários anos atrás.

No dia do regresso à sua verdadeira casa, encontra uma mulher, Arcueid Brunestud, e corta-a em pedaços. Traumatizado com a situação, convence-se de que tudo não havia passado de um sonho mas, no dia seguinte, descobre que, afinal, tinha sido real.. A rapariga estava ali, viva, e a dizer que Shiki iria ter de ajudá-la para compensar pelo que havia feito.